Да. Визиты по своему домену попадают в те же счётчики Яндекс.Метрики и Google Analytics, что и по короткой ссылке (в разделе «Статистика» показано, какие адреса добавить в настройках счётчика).
Разделить трафик: в Метрике — фильтром по URL страницы, в GA4 — измерением hostname. Если нужно считать домен отдельно, в разделе «Статистика» можно указать отдельные счётчики для домена — тогда на домене будут считаться только они.
Эта страница — статичная версия справки. Открыть в интерактивной справке — с поиском и оглавлением.